BLAST中的blastn怎么使用

BLAST中的blastn怎么使用

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于比较生物序列的工具，它可以在一个短时间内找到与给定序列相似的序列，BLAST分为多个子工具，其中blastn是基于N-gram模型的局部比对搜索工具，本文将详细介绍如何使用blastn进行序列比对。

blastn的基本语法

blastn的基本语法如下：

blastn [options] database sequence1 [sequence2 ...]

options是可选参数，database是数据库文件，sequence1、sequence2等是要比对的序列文件。

blastn的选项

blastn有很多选项，下面列举一些常用的选项：

1、-query:指定要比对的序列文件。

2、-db:指定数据库文件。

3、-evalue:设置E值阈值，只有E值小于等于该阈值的比对结果才会被输出。

4、-outfmt:指定输出格式，如6表示XML格式。

5、-num_threads:指定使用的线程数。

6、-perc_identity:指定期望的相似度百分比。

7、-gap_open:设置打开空位的成本。

8、-gap_extend:设置扩展空位的成本。

9、-word_size:设置N-gram的大小。

10、-dust:设置剔除低质量比对结果的阈值。

11、-max_target_seqs:设置每个序列最多返回的最大比对结果数。

12、-block_size:设置比对块的大小。

13、-soft_masking:启用软掩码功能，可以忽略部分匹配的碱基。

14、-expensive:强制使用昂贵的比对算法，即使可以优化为更快的算法。

15、-out:指定输出文件的前缀。

使用示例

假设我们有一个名为example.fasta的序列文件和一个名为example.db的数据库文件，我们可以使用以下命令进行比对：

blastn -query example.fasta -db example.db -out result.xml -evalue 1e-50 -word_size 7 -gap_open 10 -gap_extend 0.5 -num_threads 8

相关问题与解答

1、如何查看blastn的输出结果？

答：blastn的输出结果通常以XML格式呈现，可以使用文本编辑器或专门的可视化工具(如MUSCLE、MAFFT等)查看，如果需要以文本格式查看，可以使用blastn2text工具将XML转换为文本格式。

2、如何提高blastn的比对速度？

答：可以通过增加线程数、调整N-gram大小、降低E值阈值等方法提高blastn的比对速度，还可以使用并行计算工具(如SGE、SLURM等)来加速比对过程。

3、如何处理比对结果中的特殊字符？

答：在输出结果中，可能会出现一些特殊字符(如“^”表示插入碱基),可以使用文本编辑器或专门的可视化工具将这些特殊字符替换为可读的字符，可以将“^”替换为“A”。