BLAST中tblastn和tblastx的区别有哪些

BLAST是一种用于比较生物序列的程序，它可以在一个全局的数据库中查找与给定的查询序列相似的序列，在BLAST中，有两种主要的比对方法：tblastn和tblastx，这两种方法在很多方面都相似，但也有一些关键的区别，本文将详细介绍这两种方法的区别，并提供一些相关问题和解答。

tblastn和tblastx的基本概念

1、tblastn

tblastn是基于N-gram模型的局部比对方法，它使用预编译的BLAST数据库进行比对，tblastn的输出结果包括比对得分、匹配的序列数、不匹配的序列数等信息，由于tblastn使用的是局部比对方法，因此在比对过程中会忽略序列中的非模板部分，从而提高比对速度。

2、tblastx

tblastx是基于全局比对的方法，它使用预编译的BLAST数据库进行比对，tblastx的输出结果包括比对得分、匹配的序列数、不匹配的序列数等信息，与tblastn不同，tblastx会考虑序列中的整个模板区域，从而得到更准确的比对结果，由于tblastx使用的是全局比对方法，因此比对速度相对较慢。

tblastn和tblastx的主要区别

1、比对方法

tblastn使用局部比对方法(N-gram模型),而tblastx使用全局比对方法(HMM)，局部比对方法在比对过程中会忽略序列中的非模板部分，从而提高比对速度；而全局比对方法则考虑整个模板区域，从而得到更准确的比对结果。

2、输出结果

tblastn的输出结果只包括匹配的序列数、不匹配的序列数等信息；而tblastx的输出结果还包括每个匹配区域的起始位置和结束位置等详细信息，这使得tblastx能够为用户提供更多关于匹配区域的信息。

3、应用场景

由于tblastn使用的是局部比对方法，因此在比对速度要求较高的场景下(如实时比对)更为适用；而tblastx使用的是全局比对方法，因此在比对准确性要求较高的场景下更为适用(如基因组注释)。

相关问题与解答

1、如何选择使用tblastn还是tblastx?

答：选择使用tblastn还是tblastx取决于您的需求，如果您需要快速进行比对，并且对准确性要求不高，那么可以选择使用tblastn;如果您需要进行高精度的比对，并且可以接受较长的比对时间，那么可以选择使用tblastx。

2、如何在Linux系统中使用BLAST进行序列比对？

答：在Linux系统中使用BLAST进行序列比对，首先需要安装BLAST+工具包，安装完成后，可以通过命令行界面运行相应的程序(如makeblastdb、blastn或blastx)进行序列比对，具体操作步骤如下：

安装BLAST+工具包(以Ubuntu为例)
sudo apt-get install blast+
创建数据库(以NCBI蛋白数据库为例)
makeblastdb -in protein.fas -dbtype prot -out protein_database
运行tblastn进行局部比对(以query.fas为例)
blastn -query query.fas -db protein_database -out result_tblastn.txt -num_threads 8
运行tblastx进行全局比对(以query.fas为例)
blastx -query query.fas -db protein_database -out result_tblastx.txt -num_threads 8