Bind 数据库
一、简介
BindingDB 是一个公开可访问的数据库，专注于测量蛋白质与小分子药物之间的结合亲和力，该数据库自2001年成立以来，已经收录了超过1,142,124条结合数据，涵盖7,032个蛋白靶点和495,498个小分子，BindingDB 由马里兰大学维护，其核心目标是为药物化学、计算化学和系统药理学等领域提供重要的数据支持。
二、数据类型与范围
主要数据类型
蛋白质：包括各种被认为具有药物靶标潜力的蛋白质。
小分子：主要是药物样小分子，这些分子与蛋白质靶点的结合数据被记录在数据库中。
数据来源
数据主要来源于科学文献和越来越多的美国专利。
通过文本挖掘、化学结构搜索和数值亲和度等多种方式进行浏览和检索。
三、功能与工具
浏览与检索
高级搜索工具：允许用户跨多种查询类型进行搜索，包括文本、化学结构、蛋白质序列和数值亲和度。
链接与资源：BindingDB 提供到 PDB（Protein Data Bank）、PubMed 以及 ZINC 化合物目录等资源的链接，方便用户获取更多相关信息。
特殊工具与数据集
假设生成工具：用于生成关于生物活性化合物所绑定的蛋白质靶标的假设，以及已知序列的新蛋白质所绑定的化合物。
虚拟筛选工具：通过最大化学相似性、二元核判别和支持向量机方法进行虚拟化合物筛选。
特定数据集：例如从 BindingDB 中提取并组织的数百个同源配体系列的结合数据，用于验证药物设计方法。
四、更新与访问
BindingDB 每年更新一次，确保数据的及时性和准确性，数据库还提供了广泛的编程接口和详细的背景材料及文档，便于研究人员进行数据挖掘和分析。
五、常见问题解答
PDBbind 核心集是什么？
PDBbind 核心集是从 PDBbind 精炼集中通过系统、非冗余采样程序选出的高质量蛋白-配体复合物数据集，它主要用于评估对接/评分方法的性能。
CASF 基准是什么？
CASF（Comparative Assessment of Scoring Functions）基准是一个用于客观评估评分函数的平台，它使用从 PDBbind 精炼集中选出的高质量蛋白-配体复合物作为主要测试集。
是关于 BindingDB 数据库的详细介绍，希望能帮助您更好地了解和使用这一重要资源。
相关问题与解答栏目
问题1：如何访问 BindingDB 数据库？
答：可以通过访问官方网站 www.bindingdb.org 来访问 BindingDB 数据库，网站上提供了多种浏览和检索工具，用户可以根据自己的需求进行数据查询和下载。
问题2：BindingDB 数据库的数据更新频率是多少？
答：BindingDB 数据库每年更新一次，以确保数据的时效性和准确性，这意味着用户可以定期获得最新的结合数据和相关信息。
问题3：如何引用 BindingDB 数据库中的数据？
答：在使用 BindingDB 数据库中的数据时，建议按照学术规范正确引用数据来源，具体引用格式可以根据所使用的文献管理工具或出版商的要求进行调整，应包括数据库名称、访问日期、数据条目编号等信息。“Data retrieved from BindingDB database, [访问日期]. Available at: http://www.bindingdb.org”.
到此，以上就是小编对于“bind 数据库”的问题就介绍到这了，希望介绍的几点解答对大家有用，有任何问题和不懂的，欢迎各位朋友在评论区讨论，给我留言。
原创文章，作者：K-seo，如若转载，请注明出处：https://www.kdun.cn/ask/703170.html
微信扫一扫 